Auf einer Seereise gerät Link in ein Unwetter, erleidet Schiffbruch und wird am Strand der Insel Cocolint angespült. Um nach Hause zurückzukehren, muss er herausfordernde Dungeons meistern und furchteinflössende Monster besiegen. Die neue Version des Spieleklassikers greift viele Elemente auf, die bereits den Game Boy-Titel unverwechselbar machten, etwa die Räume im Stil eines 2D-Platformers oder auch die Auftritte von Charakteren, die eigentlich nicht zur The Legend of Zelda-Serie gehören.