Für viele Jahre war die Galaxie ein friedlicher Ort. Nach dem erbarmungslosen Krieg zwischen Terranern und der Hegemonie haben alle grösseren raumfahrenden Spezies grosse Anstrengungen unternommen, um zu verhindern, dass die Ereignisse sich wiederholen. Dennoch wachsen die Spannungen unter den sieben grösseren Spezies und im Galaktischen Rat. Eine Konfrontation scheint unausweichlich.

In Eclipse werden die Spielenden zu den Anführenden riesiger, interstellarer Zivilisationen und ringen mit ihren Rivalen in acht Runden um die Vorherrschaft der Galaxie. In jeder Runde vergrössern die Spielenden ihre Zivilisation, indem sie neue Raumsektoren erkunden und kolonialisieren, Technologien erforschen und ihre Raumflotte ausbauen. Nach der achten Runde gewinnt, wer durch gewonnene Kämpfe, diplomatische Bündnisse, die Kontrolle über Sektoren und Monolithen, Entdeckungen und technologische Errungenschaften die meisten Punkte sammeln konnte.