Das zweigeteilte Seitenfenster aus gehärtetem Glas des Enthoo Pro gibt den Blick frei auf verbaute Wasserkühlungen, LED-Lüfter oder einfach RGB-Strips, die alle neben wuchtiger Hardware genügend Platz im ausladenden Innenraum finden. Die stylische abnehmbare Front aus Kunststoff im gebürsteten Aluminium-Look verleiht dem Gehäuse durch seine abgeschrägten und versetzten Seiten einen schlanken Look. Oben sind die Einschübe für bis zu drei 5,25-Zoll optische Laufwerke oder Controller für Lüfter oder RGB-Beleuchtung, die werkzeuglos eingebaut werden können. Darunter verbaut PHANTEKS direkt einen leisen 140-mm-Lüfter für eine ordentliche Belüftung des Gehäuses.

Daneben sind zwei HDD-Käfige, in denen jeweils drei 3,5-Zoll-Laufwerke werkzeuglos in einem Tray eingebaut oder wahlweise jeweils drei 2,5-Zoll-Laufwerke verschraubt werden können. Zwei zusätzliche 2,5-Zoll-Laufwerke lassen sich aussen an der Stütze für die HDD-Käfige anbringen. Zwei weitere 2,5-Laufwerke finden auf optional erhältlichen Trägern Platz, die auf der Rückseite des Mainboardtrays verbaut werden können, auf dem nicht nur E-ATX-, sondern auch SSI CEB-Platinen aus dem Serverbereich verschraubt werden können. Beide HDD-Käfige lassen sich auch entfernen, etwa um Platz für übergrosse Grafikkarten zu schaffen, die dann statt 347 satte 472 Millimeter lang sein dürfen. Erweiterungsslots bietet das PHANTEKS Enthoo Pro insgesamt acht.